关税与总协定或世界贸易组织谈判的方式，是由贸易伙伴对各自关注的主要贸易问题进行双边谈判，而双边谈判的结果，根据最惠国待遇适用于所有成员。俗称双边谈判，多边受益。有的成员没有参加关税减让或非关税壁垒的谈判，或者参加但作出的减让很小，却能享有其他谈判方谈判的结果。此即所谓的搭便车。

在多边贸易制度下，与贸易伙伴进行双边谈判时，应记住，虽然表面上是在同一个国家进行谈判，却等同于在与所有WTO成员在谈判，因为谈判的结果，根据最惠国待遇原则，将适用于所有WTO成员。所以出价时须特别谨慎。

在欧共体家禽制品进口措施案中，对欧共体以前违反《关税与贸易总协定》所规定的义务的情形，欧共体与巴西进行了补偿性谈判，达成了配额协议。但欧共体将该配额分配给了所有的其他家禽制品供应国，对此巴西提起指控。欧共体认为，专家组和上诉机构也同样认为，该配额应在最惠国待遇的基础上适用。

外国对中国出口产品的反倾销问题，美国和欧共体多以针对非市场经济国家的替代国方法（进口国政府在确定从计划经济国家进口的产品的正常价值时，往往使用一个市场经济的替代国，或者按产品生产要素的市场经济价格，来计算产品的正常价值。）确定正常价值。但这种做法在其他国家中并不普遍。在中国入世的双边谈判中，中美就倾销确定的替代国问题达成了一项过渡期安排，允许使用替代国这一方法。其他成员，根据最惠国待遇，也享有这一双边谈判的结果，从而在对中国的出口产品的反倾销调查中，可以采用替代国的方法确定是否存在倾销。

另外，由于成员的发展水平／实力的差异，最惠国待遇是形式上或制度上的平等，而非实质上的平等待遇，出口量小的国家享有的好处就少。

是否给予最惠国待遇，是政府行为。在对一个贸易伙伴作出某一项决定时，政府应考虑到它对多个国家的潜在影响。是否被授予了最惠国待遇，需要企业、政府对有关信息的及时掌握。如果本地或本企业的出口产品在某一外国被拒绝了最惠国待遇，应及时通过本国中央政府处理。