任何义务都可能存在例外情形。由于最惠国待遇义务的普遍性，因而有必要明确规定例外情形。这些例外情形主要包括：

1. 允许以收支平衡理由配额歧视（见第十三章数量限制），
2. 允许对造成国内产业损害的倾销进口或补贴进口征收反倾销税或反补贴税（见第十四章，第十五章），
3. 允许一国对另一国损害其总协定下的利益或使之丧失进行报复（见第六章 ），
4. 允许因一般例外或国家安全例外（关于例外，见第11章）偏离最惠国待遇；
5. 可对某一成员或某些成员豁免最惠国待遇义务。

重要的制度性例外有：边境贸易；普遍优惠制度；关税同盟和自由贸易区。

边境贸易是指，相邻国家为了边境地区居民的需要，在一定的区域内可以进行一定数额的免税交易，但这种交易的产品不能运往其他地区。
自由贸易区，以北美自由贸易区为代表，墨西哥／美国和加拿大自保持自己的关税制度，但对成员提供优惠待遇，非贸易区国家的产品进入其中的一个国家，并不等于进入了其他国家，从其中一个国家向另一个国家出口时，还要交纳关税。

关税同盟，以欧共体为例，欧共体成员内部之间的关系，就不通过世界贸易组织规则来调整。关税同盟成员相互间取消了关税，但对同盟外的国家维持统一的关税。从关税的角度来说，进入了其中的一个国家，也就进入了其他国家。