世界贸易组织协定是各成员政府缔结的国际条约。因而，在世界贸易组织规则与国内法的关系上，也会产生类似一般国际条约与国内法的关系的问题。

1．国际条约与国内法的一般关系
在国际条约与国内法的规定相冲突的情况下，应该适用哪一规定？这是一个非常不明确的问题。国际法、各国法律、做法都不统一。一般来说，常见的有这样几种情况：国际法优先于国内法；国内法优先于国际法；时间在后的优先于时间在前的。有些国家在宪法中作了规定。
我国宪法对此尚未有规定。我国民法通则等民商事法律规定，中国加入或批准的国际条约与国内民商事法律有不同规定时，适用国际条约。但严格地说，这不适用于世界贸易组织的管理性规范。

2．世界贸易组织规则的效力在一定程度上高于国内法
世界贸易组织规则以政府作为权利义务主体，很明显，它不同于个人或企业作为主体的民商事规则。世界贸易组织成员的义务主要是通过制定国内法来实施的。
在关税与贸易总协定的框架下，关税与贸易总协定临时议定书规定，缔约方在不违反现有国内立法的情况下，最大限度地适用《关税与贸易总协定》的第二部分的规定（即国民待遇、取消数量限制、反倾销、反补贴等）。而世界贸易组织规则，要求成员通过国内法的形式实施根据世界贸易组织的义务，不允许成员以国内法为理由违反世界贸易组织规则，并且明确废除了关税与贸易决协定框架下的临时适用议定书。在争端解决机构裁定有关成员违反了有关规则时，被裁定违反了有关规则的成员首先应通过修改国内法的形式履行争端解决机构的裁定和建议。如不执行裁定或建议，争端解决机构可以授权进行报复（见第六章 争端解决制度）。
这些都表明，当国内法与世界贸易组织规则不一致时，仅仅是优先适用世贸规则却保持国内法不变是不够的，而是必须修改国内法，使之与世贸规则相一致（WTO协定第16条第4款）。
某一成员的国内法是否与世界贸易组织规则相冲突，该成员自己说了不算。个人和企业也不能以一国的国内法与世界贸易组织规则不符为由，起诉某一成员政府。一个国家的国内法是否与世界贸易组织规则相冲突的问题，必须而且只能通过世界贸易组织来解决（DSU第23条）。