1．来自非政府组织的反对
非政府组织，简单地理解，是组成成员不是国家政府的组织。他们代表了不同的利益集团。如环保组织、人权组织等。虽然非政府组织与国家政府不是一回事，但由于一些国家允许利益集团对政府决策进行游说，因而，在某些时候，非政府组织的观点可能因被接受而成为政府的观点。
世界贸易组织自成立时起，就受到了一些非政府组织的反对。有些反对意见在关税与贸易总协定框架下就存在，只不过在世界贸易组织成立后更增强了。对世界贸易组织的反对，在西雅图部长会议期间达到了一个高潮。这些反对意见主要体现在下述几个方面：
世界贸易组织只服务于跨国公司的利益，是杂乱无章的法院，践踏了劳工和人权，破坏了环境，残杀人民（指药品专利保护），削弱了当地的发展并使穷国受到惩罚，扩大了不公平，削弱了国家主权，世界潮流是反对自由贸易和世界贸易组织。
实事求是地说，上述观点代表了不同国家的不同利益群体对不同问题的关注。从积极的方面讲，这些关注有助于世界贸易组织更好地追求其目标和宗旨；从消极地方面看，这些关注因为只关注特定方面，可能对正确认识世界贸易组织的作用产生误导。
2．来自世界贸易组织成员的分歧
乌拉圭回合谈判自1986年开始，到1994年正式签署有关文件，时间长达8年。这说明了谈判各方就有关问题存在分歧的严重性和达成一致的困难。乌拉圭回合谈判文件的签署、世界贸易组织的成立，只表示各成员就以前的谈判议题达成了一致，但不意味着对以后的谈判的问题自然会有共同的看法。实践也表明，成员间的分歧仍然是比较严重的。多哈议程进展缓慢，充分说明了这一点。
世界贸易组织是由成员集体管理的组织，部长会议是最高决策机构。而部长会议的决策方式通常是协商一致的方式。因此，在成员不能就有关问题达成一致时，世界贸易组织就会处于停滞的状态。在有关第二任总干事的人选问题上的僵持，说明了世界贸易组织决策方面的不和谐。实践来看，这种决策方式有其局限性。
3．世界贸易组织实际运作的问题
这首先集中在争端解决制度方面。世界贸易组织的争端解决制度弥补了原关税与贸易总协定框架下争端解决制度的不足，该制度确立了专家判案、自动通过的机制，改变了过去成员阻挠争端解决报告通过的情形。但也有人认为该制度专家味太浓，一旦案件进入专家组和上诉机构程序，有关成员政府即失去了控制力。对专家组和上诉机构成员诚信的怀疑、对案件审查程序不公开的不满，以及对被视为体现了纪律约束力的裁决的不愿履行，都导致对世界贸易组织的负面看法。
另一方面，由于各成员实力水平、世界贸易份额的不同，各成员在世界贸易组织中的实际影响是不同的。如果占世界贸易量较大份额的成员不同意某一提议，即便通过投票表决通过了这一提议，该提议所产生的效力也受到了很大的削弱。而人口、市场、贸易较小的成员，可能会有“人微言轻 ”之感。这种情况，也增加了成员间的分歧，造成运作上的低效。
4．棘手的劳工问题
发展中国家成员具有劳动力便宜的比较优势，其劳动密集型的产业的出口产品具有较大的竞争力。如果劳动力成本增加，这一优势就会丧失。但美国、欧共体等发达国家认为发展中国家劳动力低成本，是由于劳工权利低造成的，要求发展中国家改变这一点。发展中国家认为这是发达国家利用劳工问题实施贸易保护。
上述问题涉及到一个根本性问题，即劳工待遇标准问题。这一问题具有很强的政治性，严格意义上说不是一个贸易问题。但美国和欧共体在其国内法中确有将贸易和劳工权利挂钩的规定。对世界贸易组织，他们也根据国内法表达了类似的关注。上述争议的焦点集中于“核心劳工标准”（Core lABor stAnDArD）问题。
这由此引出了下面几个问题：

1. 是否允许将贸易措施作为对付严重违反核心劳工标准的手段；
2. 劳工权利标准低的国家产品的出口，是否构成了对其他国家的不公平优势；
3. 世界贸易组织是否是讨论这一问题的适当场所？

这些问题，在世界贸易组织成立后的第一次部长会议上，就被提了出来，部长会议就此作出决议：

1. 承诺遵守国际承认的核心劳工标准，这些标准不得用于贸易保护主义目的；
2. 国际劳工组织（ILO）是制订和处理这些问题的主管机构；
3. 低薪国家的经济优势不容质疑
4. 继续与国际劳工组织的合作。

1998年国际劳工组织成员政府通过了《工作权利基本原则宣言》，确认了基本工作权利：

1. 结社自由；
2. 集体谈判权；
3. 消除所有形式的强迫劳动；
4. 有效废除童工；
5. 消除雇佣和就业歧视。

　　尽管有上述努力，劳工权利和贸易问题，依然是一个棘手的问题。
5．复杂的贸易与环保关系问题
与世界贸易组织不处理劳工问题形成对比，世界贸易组织争端解决机构已经有了处理环保问题的实践。美国汽油标准案、美国虾案，都是有关贸易与环保问题的案件。
在世界贸易组织协定前言中，即确定了保护和维护环境、促进可持续发展的目标和宗旨。在《关税与贸易总协定》、《技术性贸易壁垒协议》、《实施卫生与植物卫生措施协议》、《农业协议》、《反补贴协议》、《知识产权协议》以及《服务贸易总协定》，都规定了保持与环境保护相关的条款。世界贸易组织内部还设立了贸易与环境委员会。
目前世界上存在许多专门保护环境的国际协议。这些国际协议可能对国际贸易产生影响，如《关于濒危物种国际贸易公约》。世界贸易组织并不应该仅仅单纯地去保护环境，而应着重如何解决环保与贸易的关系问题。总的指导思想是既要维护环境，又要坚持多边贸易体制原则。
世界贸易组织的态度是：

1. 世界贸易组织多边体制的基本原则，如非歧视原则、透明度原则，与为保护环境所采取的贸易措施是不冲突的；
2. 优先通过国际环境保护协议解决贸易与环境有关的问题；
3. 对于国际环境保护协议签署国之间的争端，不通过世界贸易组织解决；
4. 不属于环境保护协议管辖范围内的事项，根据世界贸易组织规则来处理。
5. 保护环境采取的措施不应对其他国家的产品进行歧视。