1．原则性规定
在对世界贸易组织协定或规则进行具体解释时，应采取尽可能协调一致的解释。但在某些情况下，各个规则之间仍有可能存在冲突。因而世界贸易组织规则本身对其规则间的相互关系作了原则性规定。

1. 《世界贸易组织协定》本身的规定，在该协定与任何多边贸易协议（包括诸边贸易协议）条款冲突时，以《世界贸易组织协定》为准。
2. 货物贸易规则、服务贸易规则、与贸易有关的知识产权规则，是相互独立的、并行的，三类规则可能对同一事项都有规定，也就是说，某一事项可能同时受三类规则的调整。某一项贸易措施受其中一个协议的调整，并不表明就因此而不受其他协议的支配。
3. 就货物贸易规则而言，12个货物协议优先于1994年关税与贸易总协定。

2．纠纷解决中的关系
在争端解决的实践中，在涉及不同协议、不同规定的相互关系时，争端解决机构总是遵循协调一致的解释方法，认为每一协议／每一规定，都是世界贸易组织协定这一条约的不可分割的组成部分，应共同适用、累积适用。比如说，一项贸易措施，可能既受货物贸易规则的调整，同时又受服务贸易规则的调整。不能因为受到货物贸易规则的调整，而排除服务贸易规则的适用。
国际法中有一项避免冲突的假定，根据该假定，除非不能同时履行两项义务，不能认定不同规定间存在冲突。而世界贸易组织协定及其附件是由相同的谈判方在同一谈判中达成的一揽子的协议，应推定不存在相互冲突。