安全例外，简单地理解，就是因为国家安全原因采取的措施不受现有规则规定的义务的约束。这种例外是绝对的，没有一般例外中的实施方式的要求。《关税与贸易总协定》第21条、《服务贸易总协定》第14条之二和《与贸易有关的知识产权协定》第73条含有相同的安全例外条款。
按《关税与贸易总协定》第21条中使用的文字来表示，“本协定的任何规定，不得解释为

• 要求任何成员提供其认为如披露则会违背其基本安全利益的任何信息；
• 阻止任何成员采取对保护基本国家安全利益所必需的行动；
• 阻止任何成员为履行其在《联合国宪章》项下的维护国际和平与案例的义务而采取的任何行动。”

什么情况构成了国家安全例外，迄今没有明确的解释或没有解释。1982年英国和阿根廷发生马岛之战，欧共体其及成员国以及加拿大和澳大利亚对阿根廷实施进口限制，援引了关税与贸易总协定第21条的安全例外条款。尽管阿根廷要求理事会对此进行审查，但该问题不了了之。

由于国家安全例外涉及国家间的政治问题，关税与贸易总协定不是处理类似问题的适当场所。1982年美国对波兰终止最惠国待遇时，美国承认这一措施不仅仅是因为贸易问题，但主张这些问题不属于《关税与贸易总协定》管辖的范围。理事会也采取了避免审查的态度。