1. 世界贸易组织调整的范围没有囊括所有的贸易问题

尽管与1947年的关税与贸易总协定相比，世界贸易组织的调整范围已经扩大了很多，但仍有许多事项目前并不受其调整。并且，即使是列入了谈判议题的事项，成员在短时间内也很难达成一致。这方面比较典型的例子，是服务贸易领域中的问题。因而，不能指望世界贸易组织的规则为所有的贸易关系提供了规范和准则。

1. 世界贸易组织的多边贸易制度，没有解决所有的双边问题。

世界贸易组织的多边贸易体制，包括无条件的最惠国待遇义务、争端解决机制，解决了成员间的许多双边问题。比如，中国加入世界贸易组织，就解决了中国与美国双边存在的最惠国待遇问题，解决了美国动辄以301条款（美国301条款，是指美国1974年贸易法第301条，它主要规定，在美国认为其他国家没有遵循有关条约义务时，可以单方采取报复措施。）报复的问题。但是，仍有许多问题需要通过双边来解决。如上所述，多边制度并不自动解决双边问题，多边关系仍旧建立在双边关系基础之上。

1. 世界贸易组织确立的义务不制止成员间进一步发展贸易关系

根据《关税与贸易总协定》的规定，该协定所规定的义务不阻止适用于毗邻国家的优惠待遇（边境贸易优惠）；也不阻止成员间成立自由贸易区或关税同盟，只要不对第三方提高贸易限制。这些国家的具体贸易关系，主要不通过多边贸易体制来解决。
边境贸易是指，相邻国家为了边境地区居民的需要，在一定的区域内可以进行一定数额的免税交易，但这种交易的产品不能运往其他地区。
自由贸易区，以北美自由贸易区为代表，墨西哥／美国和加拿大自保持自己的关税制度，但对成员提供优惠待遇，非贸易区国家的产品进入其中的一个国家，并不等于进入了其他国家，从其中一个国家向另一个国家出口时，还要交纳关税。
关税同盟，以欧共体为例，欧共体成员内部之间的关系，就不通过世界贸易组织规则来调整。关税同盟成员相互间取消了关税，但对同盟外的国家维持统一的关税。从关税的角度来说，进入了其中的一个国家，也就进入了其他国家。
在义务得以豁免的情况下，或成员互不适用某些义务的情况下，需要有关成员自主确定相互间的贸易关系规范。

1. 迄今为止，还有许多国家没有成为世界贸易组织的成员。

这些没有成为WTO成员的国家间的贸易关系，以及世界贸易组织成员与非成员间的贸易关系，不适用世界贸易组织多边贸易制度。这些国家间的贸易关系需要通过双边谈判来调整。