1．协商一致优先，投票表决第二

在决策方面，世界贸易组织与其他国际组织有根本性的不同：世界贸易组织没有类似联合国安理会或国际货币基金组织理事会这样由少数成员组成的权力机构。世界贸易组织是由成员国（单独关税区）政府共同管理的。所有重大的决定都是由全体成员共同作出的。决定通常是经协商一致（Consensus）作出（WTO协定第9条）。

如前所述，WTO的前身是GATT。而《关税与贸易总协定》（GATT）在组织机构和决策方式上，并没有明文规定。因而，对任何问题缔约方都需要经过协商达成一致，从而在在实践中形成了协商一致的决策方式。世界贸易组织继承了GATT的这一实践，继续遵循1947年关税与贸易总协定奉行的协商一致的决策惯例。

因此，WTO在就有关事项作出决议时，如在场的成员未正式提出异议，则视为一致作出决议。如不能取得一致，则投票决定。在部长会议和总理事会会议上，世界贸易组织的每一成员都有一票投票权。除非另有规定，部长会议和总理事会的决定以简单多数票表决通过。
2．决策事项不同，投票要求不同

1. 对任何协议条款的解释，都需要世界贸易组织成员的四分之三多数通过；
2. 一般条款的修改，需成员的三分之二多数通过。涉及权利义务的条款的修改，对接受修改的成员生效；不涉及权利义务条款的修改，对所有的成员生效；
3. 修改《世界贸易组织协定》第9条（决策）、第10条（修正）、1994年《关税与贸易总协定》第1 条和第2条（最惠国待遇和减让）、《服务贸易总协定》第2条第1款（最惠国待遇）、《与贸易有关的知识产权协定》第4条（最惠国待遇），需由全体成员接受方始有效；
4. 豁免某成员的义务需四分之三多数同意。
5. 接受新成员的决定需三分之二多数通过。中国加入WTO，就是如此。

3．争端解决机构通过报告的特殊规定
争端解决机构在作出决定时，按协商一致（协商一致，是指除非有成员正式提出异议，否则，应视为所有成员一致同意作出决议）的方式进行。但在通过专家组或上诉机构的报告时（见第6章），却采取反向一致原则，即除非争端解决机构所有成员一致同意不通过相关报告，该报告即得以通过，也就是说，只要有一个成员同意，报告就获得自动通过；而要否决该报告，却需要所有成员的同意。争端解决机构通过的专家组或上诉机构的报告仅对有关争议各方有约束力，不是一般意义上对所有成员生效的决定。